El CDTI está diseñando las 'Misiones País para la Innovación'  para cumplir los objetivos “que queremos alcanzar como sociedad" y apoyar iniciativas estratégicas sectoriales de innovación empresarial que respondan, mediante colaboración de empresas e instituciones de I+D+i, a desafíos de importancia estratégica para España

Se trata de un programa de ayudas a empresas para el desarrollo de proyectos basados en cinco temáticas específicas (llamadas "misiones"):energía limpia; salud y envejecimiento; agroalimentación sostenible; nueva industria; y movilidad inteligente. Dotado con 70 millones de euros, servirá para financiar y apoyar grandes proyectos de I+D empresarial que propongan soluciones a retos transversales y estratégicos de la sociedad española en general.

El enfoque de misiones en España facilitará, gracias al alineamiento con el enfoque europeo, el acceso a otra financiación europea como Next Generation EU, que exige transformaciones sistémicas, colaboración e impacto real en la sociedad; también la modernización y la reforma de la Administración Pública, y se aspira a la implicación activa de la ciudadanía en torno a grandes retos de política pública.